พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ
ให้ประกาศปรับปรุงมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ให้เป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์ โดยพระราชทานนาม “มหิดล” อันเป็นพระนามของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก เป็นชื่อมหาวิทยาลัยแทนชื่อมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์เดิม เพื่อให้ “มหาวิทยาลัยมหิดล” มีขอบเขตการดำเนินงานกว้างขวางยิ่งขึ้น โดยให้ครอบคลุมทุกสาขาวิชา ทั้งสังคมศาสตร์ มนุษยศาสตร์ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (จากราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ เล่มที่ ๘๖ ตอนที่ ๑๗)
สำนักนายกรัฐมนตรี จึงได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. ๒๕๑๒ มีผลตั้งแต่วันที่ ๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ โดยจัดตั้ง “มหาวิทยาลัยมหิดล” และโอนกิจการทั้งสิ้นของมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ไปปฏิบัติในมหาวิทยาลัยซึ่งจัดตั้งขึ้นใหม่ ทั้งยกเลิกกฎหมายว่าด้วยมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ และปรับปรุงแก้ไขเป็นกฎหมายสำหรับมหาวิทยาลัยมหิดล สภามหาวิทยาลัยมหิดล จึงเริ่มดำเนินการตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. ๒๕๑๒ โดยสิ้นสุดการประชุมสภามหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ครั้งที่ ๙๑ และเริ่มการประชุมสภามหาวิทยาลัยมหิดล ครั้งที่ ๑ เมื่อวันที่ ๓๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ ซึ่งในระหว่างที่ยังมิได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งกรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิ ให้สภามหาวิทยาลัยประกอบด้วยนายกรัฐมนตรี เป็นนายกสภามหาวิทยาลัย เลขาธิการสภาการศึกษาแห่งชาติ อธิการบดี รองอธิการบดี และคณบดี เป็นกรรมการสภามหาวิทยาลัย
ตามที่กำหนดในมาตรา ๕๐ แห่งพระราชบัญญัติดังกล่าว โดยได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งกรรมการสภามหาวิทยาลัย
ผู้ทรงคุณวุฒิ จำนวน ๗ ท่าน ตั้งแต่วันที่ ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ ดังนี้ (๑) พลเอกเนตร เขมะโยธิน (๒) พันเอกจินดา ณ สงขลา
(๓) หลวงพิณพากษ์ พิทยาเภท (๔) นายป๋วย อึ๊งภากรณ์ (๕) นายสงกรานต์ นิยมเสน (๖) นายเรณู สุวรรณสิทธิ์ และ
(๗) พลตรีชาญ อังศุโชติ ซึ่งได้นำแจ้งต่อสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ ๒ เมื่อวันที่ ๑๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๒
การประชุมสภามหาวิทยาลัยมหิดล ในยุคแรก เป็นไปตามระเบียบมหาวิทยาลัยมหิดล ว่าด้วยการประชุมสภามหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๒๐ ซึ่งอาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๑๕ (๑) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ.๒๕๑๒ โดยได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๓๙ เมื่อวันที่ ๓๐ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๐ ซึ่งกำหนดให้มีการประชุมสภามหาวิทยาลัยอย่างน้อย
ปีละ ๓ ครั้ง
ปัจจุบัน สภามหาวิทยาลัยมหิดล ได้มีการประชุมมาแล้ว ๕๕๖ ครั้ง ครั้งสุดท้ายเมื่อวันที่ ๒๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๖๓
โดยได้ดำเนินการตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. ๒๕๕๐ และตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหิดล ว่าด้วยการประชุมสภามหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๕๔ ที่กำหนดการประชุมสภามหาวิทยาลัย เดือนละ ๑ ครั้ง
หน้าที่และความรับผิดชอบ
(๑) กำหนดเป้าหมาย วางนโยบาย และแนวทางในการพัฒนาของมหาวิทยาลัย
(๒) ออกข้อบังคับและประกาศของมหาวิทยาลัย เพื่อประโยชน์ในการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย และอาจมอบหมายให้ส่วนงานใดในมหาวิทยาลัยเป็นผู้ออกข้อบังคับและประกาศสำหรับส่วนงานนั้นเป็นเรื่อง ๆ ไป
(๓) ออกข้อบังคับว่าด้วยการบริหารงานบุคคลของมหาวิทยาลัย
(๔) การออกข้อบังคับตาม (๓) ต้องเป็นไปเพื่อความเป็นธรรม สร้างขวัญและกำลังใจโดยรับฟังความคิดเห็นของพนักงานและลูกจ้างมหาวิทยาลัยประกอบด้วย
(๕) ออกข้อบังคับเกี่ยวกับการบริหารงานการเงิน การพัสดุและทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย
(๖) อนุมัติแผนพัฒนาและแผนปฏิบัติการของมหาวิทยาลัย
(๗) อนุมัติการจัดตั้ง การรวม และการยุบเลิกส่วนงานตามมาตรา ๑๐ รวมทั้งการแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานดังกล่าว
(๘) อนุมัติการรับเข้าสมทบและการยกเลิกการสมทบของสถานศึกษาชั้นสูงหรือสถาบันอื่น
(๙) อนุมัติการจัดการศึกษาและยกเลิกการจัดการศึกษาร่วมกับสถานศึกษาชั้นสูงหรือสถาบันอื่น
(๑๐) อนุมัติการเปิดสอนและหลักสูตรการศึกษา รวมทั้งการปรับปรุง การยุบรวม และการยกเลิกหลักสูตร การศึกษา
(๑๑) อนุมัติการให้ปริญญา อนุปริญญา ประกาศนียบัตร ทั้งของมหาวิทยาลัย และที่มหาวิทยาลัยจัดการศึกษา ร่วมกับสถานศึกษาชั้นสูงอื่น รวมทั้งอนุมัติการให้ปริญญากิตติมศักดิ์
(๑๒) พิจารณาสรรหา และดำเนินการเพื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งและถอดถอนนายกสภามหาวิทยาลัย กรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิและอธิการบดี
(๑๓) พิจารณาดำเนินการเพื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งและถอดถอนศาสตราจารย์ และศาสตราจารย์พิเศษ
(๑๔) แต่งตั้งและถอดถอนศาสตราจารย์เกียรติคุณ รองศาสตราจารย์ รองศาสตราจารย์พิเศษ ผู้ช่วยศาสตราจารย์
ผู้ช่วยศาสตราจารย์พิเศษ และผู้ดำรงตำแหน่งทางวิชาการที่เรียกชื่ออย่างอื่นตามมาตรา ๕๖ วรรคสาม
(๑๕) แต่งตั้งและถอดถอนรองอธิการบดี คณบดี ผู้อำนวยการ และหัวหน้าส่วนงานที่เรียกชื่ออย่างอื่น
(๑๖) วางนโยบายและกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการเกี่ยวกับการจัดหารายได้ การจัดหาประโยชน์และการลงทุน
(๑๗) อนุมัติการตั้งงบประมาณรายรับและอนุมัติงบประมาณรายจ่ายของมหาวิทยาลัย
(๑๘) ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานของอธิการบดีและหัวหน้าส่วนงานต่างๆ
(๑๙) รับรองรายงานประจำปีของมหาวิทยาลัย และเสนอรายงานนั้นต่อรัฐมนตรีเพื่อรับทราบ
(๒๐) แต่งตั้งคณะกรรมการ คณะกรรมการอุทธรณ์และร้องทุกข์ประจำมหาวิทยาลัย คณะกรรมการตรวจสอบการบริหารงานประจำมหาวิทยาลัย คณะอนุกรรมการ หรือบุคคลใดบุคคลหนึ่งเพื่อกระทำการใด ๆ อันอยู่ในอำนาจหน้าที่ของสภามหาวิทยาลัย ทั้งนี้ ตามหลักเกณฑ์และวิธีการที่กำหนดในข้อบังคับของมหาวิทยาลัย
(๒๑) ปฏิบัติหน้าที่อื่นเกี่ยวกับกิจการของมหาวิทยาลัยที่มิได้ระบุให้เป็นหน้าที่ของผู้ใดหรือส่วนงานใด โดยเฉพาะ